Creación de reportes de proyectos de iNaturalist usando quarto
Czech University of Life Sciences Prague
20 de noviembre de 2024
iNaturalist y NaturalistaUY
iNaturalist es una plataforma global de ciencia participativa que permite a las personas cargar sus registros de biodiversidad e identificarlos mediante un proceso de evaluación comunitaria.
NaturalistaUY es el sitio de iNaturalist para Uruguay y tenemos por logo este carpincho.
Proyectos en iNaturalist
Una de las grandes funcionalidades de esta plataforma es la creación de proyectos que permiten agrupar observaciones bajo diferentes criterios de selección.
Proyectos en iNaturalist
Por ejemplo, permiten agrupar observaciones por:
- grupo taxonómico: insectos, aves, hongos, o guayabos,
- localización geográfica: Uruguay, provincia de Entre Ríos o Parque Nacional Torres del Paine,
- períodos de tiempo: registros tomados durante 4 días en la primavera del hemisferio sur (Gran Biobúsqueda del Sur), o la última semana de mayo en ciudades del mundo (Reto Naturalista Urbano).
O también por una combinación de estas variables: mariposas del Uruguay, orquídeas de la provincia de Misiones, o GBS 2024 La Paz Bolivia.
Objetivo
Este trabajo busca generar un template o plantilla (reportiNat) para el reporte de resultados de proyectos en iNaturalist.
¿Por qué hacer una plantilla para el reporte de proyectos?
Cada proyecto en iNaturalist cuenta con su propia URL, donde se muestran estadísticas básicas de las observaciones reunidas bajo el proyecto (sobre observaciones, especies y observadores).
https://www.naturalista.uy/projects/project_id
Sin embargo, a través de la plataforma no es sencillo extraer información más compleja que puede resultar de gran interés para quienes organizan y participan de los proyectos.
¿Por qué hacer una plantilla para el reporte de proyectos?
Por ejemplo, en el marco del proyecto:
- ¿se registró alguna especie nueva o rara para el lugar o para la plataforma?,
- ¿se registraron especies amenazadas o no nativas?,
- ¿en qué momento del día se cargaron más registros?, o
- ¿cuántas personas se unieron a la plataforma a través de este evento?
¿Cómo funciona reportiNat?
Es un archivo .qmd que contiene todo el código necesario para generar el reporte.
Utiliza los paquetes lubridate, sf, tmap, geodata, wdpar, knitr y tidyverse (entre otros).
Y para obtener los datos usa la API de iNaturalist https://api.inaturalist.org y los paquetes httr, y jsonlite para hacer las llamadas.
¿Cómo funciona reportiNat?
Para generar el reporte se precisa indicar el ID del proyecto generado en iNaturalist. Por ejemplo, gbs-2024-uruguay.
Luego, se debe compilar el archivo quarto (marcando Render o en la terminal como quarto render reporte.qmd).
Al compilar el archivo, se correrán diferentes pedazos o chunks de código que permiten descargar los datos y generar el reporte en formato de archivo html.
Caso 1
Reporte del proyecto:
Gran Biobúsqueda del Sur del 2024 en Uruguay
Reúne observaciones tomadas en Uruguay durante 4 días (20-24 de setiembre), en la primavera del hemisferio sur de 2024, como parte del evento Great Southern Bioblitz.
Caso 2
Reporte del proyecto:
Biodiversidad de Punta Ballena
Reúne todas las observaciones tomadas en Punta Ballena, un área en la costa del país actualmente en conflicto por la construcción de un proyecto inmobiliario.
¿Cómo se puede colaborar a mejorar reportiNat?
Para poder mejorar y enriquecer el reporte, el aporte de las comunidades de usuarios/as de iNaturalist en América Latina y LatinR es sumamente importante.
